Важнейшую роль в обеспечении победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг., играла химико-фармацевтическая промышленность. Война выдвигала перед научно-исследовательскими институтами и промышленными предприятиями новые задачи, над решением которых самоотверженно трудились ученые, инженеры и рабочие.
Большую научно-исследовательскую работу в годы войны вели ученые-медики Башкирского мединститута, видные ученые Академии наук Украинской СССР, 1 — го Московского медицинского института им. И. М. Сеченова, а также ученых Киевского, Минского, Витебского и других медицинских институтов, эвакуированных в годы войны в Уфу.
Группа сотрудников института клинической физиологии под руководством Президента АН УССР А. А. Богомольца создала в 1941 году антиретикулярную цитотоксическую сыворотку (АЦР) и применила ее в госпиталях для лечения долго не заживающих ран, переломов, для борьбы с инфекциями. Наркомздрав СССР приказом от 1 февраля 1943 г. предложил повсеместно в госпиталях и больницах применять АЦС академика А. А. Богомольца при лечении долго незаживающих ран, остеомиелитов, общей гнойной инфекции. В Уфимском институте эпидемиологии и микробиологии им. Мечникова было налажено производство этого препарата. Кроме того, в институте было освоено производство моновакцины, анавакцины, пентовакцины, дизентерийного бактериофага.
Группа ученых под руководством директора института биохимии АН УССР, академика А. В. Палладина, исследовав свойства витамина К3 (метилнафтохинона), впоследствии названного викасол, определила, что этот препарат ускоряет заживление ран, дает эффект при кровотечении. Уфимский витаминный завод освоил производство этого витамина. Препарат викасол широко применялся в эвакогоспиталях для борьбы с кровотечениями.
В Институте биохимии и зообиологии были получены лекарства для профилактики и лечения газовой гангрены. По рекомендации Главного санитарного управления Красной Армии Уфимский институт эпидемиологии и микробиологии наладил выпуск этого препарата.
Сотрудниками Института химии была предложена новая технология производства витамина С, которая была освоена на витаминных заводах в Уфе, Вологде, Иркутске, Йошкар-Оле. В этом же институте разработали способы получения эфира для наркоза, медицинского хлористого калия, адонилена и гиталена. Эти разработки были внедрены в производство Уфимской фабрики галеновых препаратов, возникшей в 1941 году в результате реорганизации Уфимской лаборатории по изготовлению галеновых препаратов. Коллектив Уфимской фабрики галеновых препаратов в годы войны освоил производство до 40 различных лекарств и более 10 дезинфицирующих средств.
В республике были организованы заготовки сфагнового мха для замены ваты, сбор лекарственных растений, изготавливались дезинфицирующие препараты из отходов нефтяной промышленности. При нехватке перевязочного материала организовывался сбор и просушка водорослей из рек Белой и Тайрук.
Из природных лечебных факторов в годы войны применяли соленую воду буровых скважин и лечебную грязь Красноусольска, бирские минеральные источники и Кандрыкульские грязи, геотермальные сухие и влажные газы Янгантау.
