С началом Великой Отечественной войны территориальные органы НКВД-НКГБ во взаимодействии с армейской контрразведкой «Смерш» сосредоточили свои усилия на активной борьбе с немецко-фашистскими спецслужбами. Так, только в ходе битвы под Москвой в зоне боевых действий военные контрразведчики обезвредили свыше 200 агентов и более 50 разведывательно-диверсионных групп противника, чем способствовали разгрому захватчиков, провалу немецкой операции «Тайфун». Всего за годы войны было обезврежено около 3,5 тысяч диверсантов и свыше 6 тысяч агентов-парашютистов. С конца 1941 года по сентябрь 1943 года разведкой для дезинформации противника использовалось 80 захваченных вражеских шпионов с рациями, которые стали работать под диктовку сотрудников советских органов безопасности.
В составе НКВД-НКГБ успешно действовало 4-е (зафронтовое) Управление НКВД СССР (начальник П.А. Судоплатов). Основными задачами этого подразделения были проведение разведки и организация диверсий в глубоком тылу противника с использованием специальных групп, подготовленных и обученных оперативных сотрудников, связников и агентов из числа гражданского населения.
Всего за годы войны по линии НКВД-НКГБ СССР за линию фронта в составе оперативных групп было направлено около 15 тысяч оперативных работников, 23 из них стали Героями Советского Союза. Подразделения 4-го Управления НКВД и ОМСБОН уничтожили в общей сложности свыше 157 тысяч гитлеровцев, ликвидировали 87 высокопоставленных нацистских чиновников, разоблачили и обезвредили более 2 тысяч агентурных групп противника.
В годы Великой Отечественной войны пали смертью храбрых 37 контрразведчиков, призванных на фронт из Башкирской АССР, из них 5 действующих сотрудников Управления НКГБ БАССР: ст. лейтенант Адигамов И.Г., лейтенант Виноградов В.Н., ст. лейтенант Гнедков П.В., лейтенант Дергунов Л.А., лейтенант Миногин Н.С.
7-ми воинам-чекистам присвоено высокое звание Героев Советского Союза.
