Бөйөк Ватан һуғышы башланыу менән НКВД-НКГБ-ның территориаль органдары бөтә көс-ҡеүәтен фашистарҙың махсус хеҙмәттәренә ҡаршы әүҙем көрәшкә йүнәлтә. Мәҫәлән, Мәскәү янындағы һуғышта һәм хәрби хәрәкәттәр барған биләмәләрҙә генә лә хәрби контрразведчиктар, илбаҫарҙарҙы ҡыйратыуға, “Тайфун” операцияһын өҙөүгә булышлыҡ итеп, дошмандың 200-ҙән ашыу агентын һәм 50-нән ашыу разведка-диверсия төркөмөн юҡ итә. Һуғыш осоронда 3,5 мең самаһы диверсант һәм 6 меңдән ашыу агент-парашютсы зарарһыҙландырыла. 1941 йыл аҙағынан алып 1943 йылдың сентябренә тиклем разведка ҡулға алынған 80 шпионды дошманға ялған мәғлүмәт еткереү өсөн файҙалана. Улар совет именлек органдары хеҙмәткәрҙәре әйткәнен рация аша дошманға еткерә.
НКВД-НКГБ составында СССР НКВД-һының 4-се (фронт аръяғындағы) идаралығы эшләй (начальнигы П.А. Судоплатов). Махсус төркөмдәрҙе, граждандар иҫәбенән уҡытылған һәм әҙерлек үткән оператив хеҙмәткәрҙәрҙе, элемтәселәрҙе, агенттарҙы файҙаланып, дошмандың тәрән тылында разведка яһау һәм диверсиялар ойоштороу был подразделениеның төп бурыстарына инә.
Һуғыш йылдарында СССР НКВД-НКГБ йүнәлеше буйынса оператив төркөмдәр составында 15 меңгә яҡын оператив хеҙмәткәр фронт һыҙығы аша сығарыла. Уларҙың 23-ө Советтар Союзы Геройы исеменә лайыҡ була. 4-се НКВД идаралығы подразделениелары һәм Махсус тәғәйенләнештәге айырым мотоуҡсылар бригадаһы (ОМСБОН), дөйөм алғанда, 157 меңдән ашыу гитлерсыны, 87 юғары дәрәжәле нацистик чиновникты юҡ итә, дошмандың 2 меңдән ашыу агентура төркөмөн ҡыйрата.
Бөйөк Ватан Һуғышы йылдарында Башҡорт АССР-ынан фронтҡа саҡырылған 37 контрразведчик ҡаһармандарса һәләк була, шуларҙың бишеһе НКГБ-ның БАССР идаралы хеҙмәткәре: өлкән лейтенант И.Г. Әҙеһәмов, лейтенант В.Н. Виноградов, өлкән лейтенант П.В. Гнедков, лейтенант Л.А. Дергунов, лейтенант Н.С. Миногин.
Ете яугир-чекисҡа Советтар Союзы Геройы тигән юғары исем бирелә.
